实际上，每个以质谱检测为基础的蛋白质组学研究工作都包括以下3大部分(i分离消化蛋白质样品，然后对样品进行进步裂解；(ii对样品进行质谱定性和定量检测；(iii用相应的软件对质谱检测结果进行分析处理，获得蛋白质的氨基酸序列，并且如果可能的话，进行定量分析。蛋白质的鉴定工作主要由MS/MS质谱仪负责，然后通过将质谱检测结果与数据库中的数据进行比对，后确定出蛋白质的氨基酸序列。需要提醒的是，对结果的统计分析是保结果正确性的关键。