MS1质谱仪会通过比对不同样品的肽模式，即肽段分子量相对色谱保留时间作图的结果，挑选出不同样品间丰度不同的肽段。然后被挑出的肽段进入下轮MS/MS质谱检测。D基于各种假说的检测方法。该方法可以对各种预先被设定肽段的丰度进行高精度的检测，我们通常都是根据以往的实验结果来挑选这些靶肽段。在这里常用的方法是图1D中所示的MRM方法。如果在试验中选用合适的参考肽段会进步提高实验的准确性。