这种方法主要的优势在于它可以对质谱仪发现的所有信息进行定量处理。与“nio枪法”相比这是非常明显的优势，因为在“nio枪法”里，只能对被鉴定出来的肽段进行定量化处理。不过在实际运用过程中，这种比较模式分析方法的重复性很差，也没有非常好的配套软件对检测结果进行分析。用这种方法可以获得些数据，根据这些数据能够推测出蛋白质序列，这些数据包括质荷比（m/z）带电荷状态洗脱时间以及离子强度等。需要被测序的多肽（比如在两个样品中表达丰度不同的同蛋白质）会出现在检测结果列表中，然后，我们会将该蛋白（多肽）进行新轮的直接质谱检测，专门只采集它的MS/MS质谱图信息。这种研究方法也可用于MLDI/MS/MS质谱检测平台，因为蛋白质样品都被“固定”在样品板上，因此可以对它们进行不受时间的连续检测。