对于质谱技术和质谱仪器的发展来说，这种研究策略的转变需要有更好的检测设备和检测手段（流程）做依托，要能够以更快的速度更高的灵敏度和更强大的分析能力进行质谱检测。现在也出现了可供序列组装修饰情况查询的数据库。可以预计，在不久的将来，各种生物学假说将会给我们设定出许多待检测的蛋白质靶标。我们可以将这些蛋白质的信息录入数据库，构成个检测这些假说所必需的极小集蛋白质信息簇。然后，可以用各种方法，比如MRM方法对这些蛋白质进行检测（图2D）。因为这种研究方法主要是对非冗余靶标进行质谱检测，所以，在检测的敏感度方面和样品处理能力方面都有很大的提高。如果再配合定量的标准化的同位素标记参考肽段，还可以进行的定量分析。